第三方物流企业与客户之间，是一种双赢的伙伴关系。为客户提供最适宜的运输工具、最便捷的运输方式、最短的运距、最适宜的包装、最快的信息传递等，是第三方物流企业的要务。 作为整个物流运作的组织者和指挥者，第三方物流企业要对全过程负责。但在如此复杂、全面的运作过程中，总难免会出现一些风险。因此，发现风险、控制风险是第三方物流企业运作中不可忽视的重要工作。
　　慎订合同除后患
　　与客户所签的合同中，第三方物流企业面临着责任风险。在一些合同中，某些大客户凭借自己雄厚的经济实力，在谈判中往往处于有利的地位，因而提出一系列特别的要求与条件。而第三方物流企业常常迫于商业上的压力，接受某些苛刻的条款，甚至是"无理"的条款。由于合同中订立了极不合理的条款，一旦产生纠纷，后果可想而知。
　　例如，为开发某全国知名食品制造企业的物流业务，深圳某第三方物流企业与其签订了不合理的合同。合同规定，该第三方物流企业对货物数量负责，以客户账目为准每月盘点一次，盘盈货物尽归客户，并按实物数将账调平；如果盘亏，则由第三方物流企业承担损失。虽然在开始合作的前几个月中不断盘盈，但好景不长，在后期的盘点中，亏损数量不断扩大，占去物流费用的很大部分，该物流企业仓库数据与客户提供的结存数每月都不一致，给这家该物流企业造成了巨大的损失。
　　通常，物流服务协议往往是长期性的，且定有清晰条款。若不能做到，不可轻易承诺，否则风险未规避，会惹祸上身，承担难以承受的合同风险。
　　在与分包商所签合同中，第三方物流企业同样面临责任风险。物流企业是物流链的组织者，其中有的环节由其自己负责，有的环节需要委托分包商来具体实施，并通过合同来约定双方的权利与义务。但在很多情况下，物流企业与分包商只是一次性合作，很难签订完整的合同。这种情况在运输过程中经常出现，只有一纸运单，出现事故后很容易产生纠纷。
　　事实上，第三方物流企业必须选择资信情况好的分包商，才能做到既降低经营成本，又可使物流企业的责任风险降到最低点。因为在与分包商的合作中，即物流运作的全程中，当客户发生损失时，无论是第三方物流企业的过失还是分包商的过失，都要由第三方物流企业先承担对外赔偿责任。
　　尽管第三方物流企业在赔付后，尚可向负有责任的分包商进行追偿，但由于第三方物流企业与客户和分包商所签的分别是背对背的合同，因此所适用的法律往往不一样，其豁免条款、赔偿责任限额及诉讼时效也不一样，致使第三方物流企业常常得不到全部赔偿。
　　另外，合同责任范围加大也会带来风险。由于现代物流服务为一站式的全程服务，需要配套操作，强调科学合理的衔接，第三方物流企业的责任范围无形中加大了。在全程服务中，要求所有环节密切配合，不得有任何一个环节出问题，否则会给整个物流服务带来损失和影响。
　　细心运作防疏漏
　　第三方物流企业在实际运作中隐含各种各样的风险，有些可以防范，有些则防不胜防，只能尽力降低其所带来的不良后果。
　　首先是在货物运输中存在着风险。货物在运输途中受控制的机会较小，存在着不可预计的风险。失窃、挤压、雨淋、车祸和塞车等，都给会物流公司带来损失。
　　其次在货物保管中也存在风险，主要包括在库管理和在途管理。一般情况下，货物在库保管过程中存在许多潜在风险，如失窃、作业破损、虫害鼠咬、火灾等，物流企业要想方设法将损失降到最低。
　　再次是货物移交中的风险。货物的移交包括第三方物流公司或分包商与货主之间的移交、与货主的客户之间的移交、第三方物流公司与分包商之间的移交。在移交过程中，双方要依据送货清单核对货物的数量、品名与规格、完好程度等，但有时出现没有送货清单，只在交接时现拟清单的现象，这就存在着潜在风险。有时由于数量差异、规格不符等，导致货物交接失败，物流公司甚至要赔偿由此产生的直接经济损失，给客户造成不良影响。
　　单证传递过程中同样隐含着风险。物流离不开信息流，单证传递是信息流的一种重要表现形式，单证在传递过程中也会存在许多意想不到的风险。最基本的是单证本身的安全，在单证传递过程中有可能会出现改单的现象，尤其是货物交接时单货不符的情况下最容易出现纰漏，第三方物流企业要对此严加注意。
　　操作人员工作失误也是风险的一种。物流操作离不开工作人员，工作中出现失误在所难免，工作人员的失误可能发生在任何一个工作环节。最令人头疼的问题是，出现失误后还找不出责任人，同样的失误重复出现。
　　商品特性的风险往往被人忽视，主要包括易损坏性、易腐烂性、易自燃性、易爆炸性、单位价值等。商品的特性与第三方物流企业承担的责任有着密切的关系，其特性直接关系到商品损坏的风险程度及导致的索赔事故。
　　在投资金融领域，第三方物流企业也面临诸多风险。如遇到客户提前终止合同或倒闭，配送中心又一时无法被其他客户使用等情况。近年来，国内已出现多起物流配送中心设备过于先进或不适用而造成物流配送中心长期闲置的现象，给投资商带来巨大的风险和损失。
　　目前，第三方物流企业提供的金融服务形式多种多样，如以托运人的应收账款冲抵物流费用、仓单质押融资业务等。这些业务如果操作不当，也会给物流企业带来风险，如经营过程中客户可能出现拖欠物流费用的情况，造成物流费用收取的风险。
　　对策有方控风险
　　风险是客观存在的，只要搞经营，就会有风险。因此，企业要想获得经营活动的成功，必须树立风险意识，针对不同的风险类型制定不同的防范措施。风险控制的方法，概括起来讲包括分摊、转嫁、降低或避免。
　　合同风险的控制。做好项目的前期调研论证，特别是市场调研和法律论证，保证项目在经济上和法律上都是可行的、有保证的；与客户签订明确的、有利的合同，考虑到所有可能发生的风险，使合同条款尽量对物流公司有利；通过签订合理的合同，分摊、降低或避免风险。
　　运作风险的控制。加强物流企业的内部管理，规范作业流程，明确岗位责任制，培养识别、评估、监测和控制风险的能力，将风险管理贯穿于物流经营活动的每一个环节。建立健全考核机制，增强工作责任感，处罚失误者，降低或避免风险。同时要有保险意识，对于可能发生风险的项目，应当投保，以转嫁风险。
　　金融风险的控制。只给信誉度高的客户提供物流金融服务。加强经营过程中客户物流费用管理，及时清收有关费用，防止出现拖欠的情况，降低和避免金融风险。
　　投资风险的控制。物流投资风险主要为项目的战略定位、投资规模与运作管理方案及执行风险。因此，应由物流投资公司项目开发人员或外请专业物流顾问公司进行投资策划，研究运作管理方案，降低或避免投资风险。
　　作好风险控制预案。现代物流是多环节、多通道的一种复杂的活动,往往难以避免发生一些风险事件。所以，第三方物流企业要对风险事件的发生有充分的准备,提早预测各种风险的损失程度,制订应变措施和应对风险的工作流程，建立事件应变领导小组，以便在风险难以避免和转嫁的情况下,企业有能力承担最坏的后果，将损失有效地控制在企业自身可接受的范围内。在风险事件出现后,物流企业要运用各种风险控制工具,对损失的后果及时进行弥补，促使物流企业尽快恢复，免遭灭顶之灾